Коллекции «Тобольского историко-архитектурного музея-заповедника» представляют собой обширное собрание материалов, способных рассказать об истории региона с древнейших времен до наших дней.
Основным источником пополнения коллекций музея в настоящее время, как и в первые годы становления, являются пожертвования от частных лиц. Большинство из них сотрудничают с музеем на протяжении многих лет. В 1920-е годы были поступления из церковного древлехранилища, из музея изящных искусств. Значительное количество предметов поступило благодаря историко-этнографическим и археологическим экспедициям, организуемым музеем в разные годы. В комплектование музейной сокровищницы внес свою лепту и Общественный благотворительный фонд «Возрождение Тобольска» во главе с А.Г. Елфимовым, передав немало интересных предметов.
На сегодняшний день музейный фонд поделен на 40 коллекции, насчитывает более 400 тысяч единиц хранения. Много раритетных, уникальных предметов, есть и мемориальные.
- Археология
СПИСОК ПРЕДМЕТОВ Предметы археологии 
Зеркало китайское с граффити. Китай. V в. до н.э. - V в. н.э.
Бронза, литье, ковка. 18х18х0,2 см.
ТМ-3607. А-82
ГК- 003455271
Личина воина. IX-XII вв.
Дерево, резьба
ТМ-4299. А-810
ГК- 3457389
Фигурка птицы. Среднее Прииртышье. V в. до н.э. - V в. н.э.
Бронза, литье. Дл.=15,7 см.
ТМ-12138/7. А-3140
ГК- 4111734
Плита жертвенная. Среднее Зауралье. V в. до н.э. - V в. н.э.
Камень, оббивка, шлифовка. 26,0х15,5х7,4 см.
ТМ-26243. А-91844
ГК- 7946889- Документы
СПИСОК ПРЕДМЕТОВ
Документы и рукописи
Документ. Счет от наследников Николая Александровича Ершова С - вей в Тобольске. г. Тобольск. 1916 г.
Бумага, чернила, рукопись, печать типографская. 22х17,5 см.
ТМ-12363/161. ПДок-9263
ГК- 31932459
Документ. Выпись из писцовых книг стольника и писца Льва Поскочина на владение пашенными землями и сенными покосами Тобольскому конному казаку Левке Копылову. 1695г. 29 мая. 29.05.1695
Бумага, рукопись
ТМ-12856. ПДок-9975
Документ. Грамота Е.К.Ляминой, выданная Тобольским Окрсоветом Осовиахима за подготовку военных специалистов для фронта. № 16. 23.03.1944г. 23.03.1944
Бумага, печать художественная, рукопись. 29,7 х 21.
ТМ-13003. ПДок-10129
Документ. Паспорт Федора Костюрина, выданный Белоробским губернатором на выезд в Австрию и Францию. 15.03.1865г., г.Кишинев. 1865
Бумага, печать, рукопись. 40 х 27.
ТМ-13465. ПДок-11624
Документ. Диплом действительного члена Общества вспомоществования бедным студентам из Тобольской губернии Степана Ивановича Гашинского, учителя Тобольской гимназии. 18.10.1877 г. 1877
Бумага, печать художественная, рукопись. 41 х 70.
ТМ-13467. ПДок-11626
- Драгметаллы
СПИСОК ПРЕДМЕТОВ
Монеты из драгметаллов
Монета российская. Полтина
Россия. 1721 г.
Серебро, чеканка. Дм - 32,0 мм.
ТМ-11656. ДМ-1506
ГК- 4162187
Монета памятная. К 300-летию Дома Романовых. Рубль
Российская империя. 1913 г.
Серебро, чеканка. Дм - 33,0 мм.
ТМ-15390. ДМ-1600
ГК- 4163357
Оклады и предметы культа
Крест келейный митрополита Тобольского Корнилия. 1672 г. г. Тобольск
Серебро, кипарис, резьба, золочение. 197х145 мм.
ТМ-8627. ДМ-205
ГК- 6218533
Митра в форме шапки серо-голубой парчи. 1687 г. г. Тобольск
Серебро, жемчуг речной, гранат, шелк, перламутр, ручная работа, литье, гравировка, чернь, вышивка, золочение. 240х260 мм; 243х275х275 мм.
ТМ-9101. ДМ-210
ГК- 6218554
Митра серо-голубого цвета. 1666 г. г. Тобольск
Серебро, парча, жемчуг речной, рубины, сапфир, бирюза, горный хрусталь, ручная работа, золочение, литье, гравировка, чернь. 225х240Х240 мм.
ТМ-9103. ДМ-211
ГК- 6218551
Икона "Образ Святого Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова" в окладе. 1722 г. г. Москва
Серебро, дерево, чеканка или резьба, золочение, скань. Оклад - 315х270х8 мм, икона -312х267х26 мм.
ТМ-15364/1. ДМ-230/1
ГК- 6218549
Предметы из драгметаллов и камней
Пуговица полая в форме яйца. Россия. ХVI в.?
Серебро, чеканка, золочение. 50х40 мм.
ТМ-6602. ДМ-97
ГК- 6668899
Украшение нагрудное. Россия. ХIХ в.
Серебро, стекло, бисер, штамповка, скань, чеканка, золочение. 237х98 мм.
ТМ-6685. ДМ-151
ГК- 6668978
Украшение нагрудное. Россия. ХIХ в.
Серебро, агат, малахит, зернь, скань, штамповка, золочение. 210х120 мм.
ТМ-6686. ДМ-152
ГК- 6668927
Украшение нагрудное. Россия. ХIХ в.
Серебро, сердолик, стекло, кораллы, гравировка, зернь, штамповка, золочение. 107х129 мм.
ТМ-6687. ДМ-153
ГК- 6668953
- Естественно-природные коллекции
аммонит 
атлас 
горный хрусталь 
самка выдры - Живопись
СПИСОК ПРЕДМЕТОВ Живопись 
Иванов С.В. Картина. "В лесу", конец XIX века
Холст, масло. 123х253 см.
ТМ-8152. ИЖ-20
Чукомин П.П. Картина. "Портрет Кульмаметьевой". 1910-е гг, г. Тобольск
Холст, масло. 188,0х71,0 см.
ТМ-8218. ИЖ-30
Неизвестный автор. Картина. "Портрет Ермака". XVIII век
Металл, масло. 54 х 72 см.
ТМ-9191. ИЖ-73
Золотарёв К. Картина. "Портрет Патриарха Иоакима". 1678 г
Холст, масло. 166,0х97,0 см.
ТМ-20917. ИЖ-578
ГК- 23121227- Изделия из кости
СПИСОК ПРЕДМЕТОВ Изделия из кости 
Терентьев П.Г. Скульптурная группа " Один с сошкой семеро с ложкой". нач. 20 века
Бивень мамонта (белого цвета), резьба по кости (объемная). 28,4 х 8,0 х 6,3 толщина подставки 1,2 см.
ТМ-7966. ИК-25
ГК- 23425929
Терентьев П.Г. Скульптурная группа " Татарин везущий хвороста воз". нач. 20 века
Бивень мамонта, резьба по кости (объемная). 26,8 х 8,8 х 9,7см. ; подставка 24,0 х 8,8 х 2,2 см.
ТМ-7967. ИК-26
ГК- 23425930
Терентьев П.Г. Скульптурная композиция "Три козла на бревне". г. Тобольск, конец XIX - начало XX века
Бивень мамонта, резьба. 6,0 х 13, 5 х 3,5 см, толщина бревна 1,6 см.
ТМ-7989. ИК-41
ГК- 23413336
Терентьев П.Г. Скульптурная композиция "Мышь с сыром на ломте хлеба". г. Тобольск, конец XIX - начало XX века
Кость мамонта (коричневого цвета), бивень мамонта (белого цвета), резьба, ломоть 9,7 х 6 х 1,1 см; мышь 3,2 х 2,3 х 1,1 см. ; сыр 6,6 х 3 х 0,4 см.
ТМ-7995. ИК-47
ГК- 23413308
Ремизов А. Прибор письменный "Победа"(Прибор). 1947 г
Бивень мамонта, резьба. 41,5 х 29; 14,5 х 7,5 см.
ТМ-11638/1. ИК-150/1
Ваза китайской работы. XIX в.
Бивень мамонта, бронза, перламутр, дерево, инкрустация, в.60 см, ш. 22 см, верх бивня элипсообразной формы: 13,7 х12,2.
ТМ-28787. ИК-729
ГК- 13971002- Лубок
СПИСОК ПРЕДМЕТОВ
Лубок
Лубок. Песня "Ай,по лесу по тёмному шелкова трава..." Коллекция лубочных картин, собранных чиновником по крестьянским делам Тавастшерна в Ялуторовском округе Тобольской губернии. 1885г., г. Москва. Хромо-литография В. Васильева.
Бумага, литография цветная. 34,4х40,8см.
ТМ-11259/443
ГК- 9790754
Лубок. Песня «Отгадай моя родная, отчего я так грустна...». Коллекция лубочных картин, собранных чиновником по крестьянским делам Тавастшерна в Ялуторовском округе Тобольской губернии. 1896 г., г. Москва. Литография Морозова в Москве
Бумага, литография цветная. 32,1х40см.
ТМ-11259/444
ГК- 9790744
Лубок. Песня "Травушка, муравушка зелененький лужок..." Коллекция лубочных картин, собранных чиновником по крестьянским делам Тавастшерна в Ялуторовском округе Тобольской губернии. 1893г., г. Москва
Бумага, литография цветная. 32х41,4см.
ТМ-11259/456
ГК- 9790693
Лубок. "Приятная летняя прогулка". Коллекция лубочных картин, собранных чиновником по крестьянским делам Тавастшерна в Ялуторовском округе Тобольской губернии. 1890г.
Бумага, литография цветная. 40,9х30,1см.
ТМ-11259/550
ГК- 9790838
- Нумизматика
СПИСОК ПРЕДМЕТОВ
Наградные медали, знаки
Знак (клеймо) с кольчуги Ермака с надписью "Князя Петра Ивановича Шуйского". Россия. XVI в.
Металл. Д-2,7 см.
ТМ-16483. НФ-581
ГК- 4117588
Памятные медали, знаки
Медаль памятная «Губернатор Сибири М.М. Сперанский», из серии «Славен град Тобольск». ХХI
Металл, гравировка. 60 мм.
ТМ-29019. НФ-1579
ГК- 21521059
Знак бородовой с надписью "Деньги взяты" (копия). 2000-2010-е гг. 1705 г.
Медь, чеканка. Д-2,5 см.
НВ-7485
Российская монета
Монета сибирская (копия). 20 копеек
Россия 2000-2010-е гг. 1764 г.
Сплав металлов, чеканка. Д-2,3 см.
НВ-7413
- Оружие
СПИСОК ПРЕДМЕТОВ
Оружие и вооружение
Пушка старинная сигнальная. Россия. ХVII в.
Чугун, литье. Длина - 763 мм, лафет - 860 мм.
ТМ-8456. ВО-86
ГК- 5901385
Ружье старинное (пищаль затинная с кремневым замком).
г. Тобольск. ХVIII в.
Металл, дерево, ковка, токарно-слесарная работа, резьба. Дл. общая - 1150 мм, дл. ствола - 710 мм.
ТМ-8466. ВО-20
ГК- 5901353
Ружье пистонное (мушкетон). Калибр: 56. Западная Европа. Пер. пол. ХIХ в.
Сталь, латунь, дерево, заводское производство Дл.общ. - 740 мм, дл. ствола - 335 мм; калибр: 56.
ТМ-8799. ВО-27
ГК- 5901422
Кинжал с гравировкой "Виват Екатерина Великая". Российская империя. ХVIII в.
Сталь, латунь, дерево, ковка, литье, гравировка. Общая дл. - 475 мм, дл. клинка - 345 мм.
ТМ-8857. ВО-95
ГК- 5901430
Пистолет русский кавалерийский кремневый образца 1809 г. г. Тула. 1819 г.
Сталь, латунь, дерево, заводское производство. Общая дл. - 435 мм, дл. ствола - 263 мм.
ТМ-8862. ВО-99
ГК- 5901382
Ружье нарезное с ударно-кремневым замком. г. Тобольск. 1819 г.
Металл, дерево, кость, ковка, литье, гравировка, инкрустация. Дл. общая - 1315 мм, дл. ствола - 910 мм.
ТМ-8866. ВО-37
ГК- 5901340
Пистолет шестиствольный капсюльный - бундельревольвер Мариетта. Калибр: 10. Бельгия. Сер. ХIХ в.
Сталь, дерево, ковка, станочная обработка, гравировка Дл. общ. - 245 мм, дл. ствола - 140 мм; калибр: 10.
ТМ-10884. ВО-7
ГК- 5901344
Шлем с трубкой для султана. Джунгария. ХVII в.
Железо, кожа, ковка, клепка, гравировка. Выс.- 460 мм.
ТМ-16478. ВО-171
ГК- 5901470
Шашка драгунская офицерская с деревянной рукоятью и монограммой "Н II ". Российская империя. 1909 г.
Сталь, латунь, кожа, литье, ковка, травление. Общая дл. - 945 мм, дл. клинка - 78 мм.
ТМ-19709. ВО-204
ГК- 5901520
Кинжал охотничий в ножнах. Россия. Втор. пол. ХIХ в.
Сталь, дерево, бархат, ковка, литье, гравировка. Дл. общ. - 420 мм, дл. клинка - 295 мм.
ТМ-19717. ВО-212
ГК- 5901499
- Фотоматериалы
СПИСОК ПРЕДМЕТОВ
Фотографии и негативы
Фотография. Вид г. Тобольска. Софийско- Успенскйи собор и Дворец Наместника. 1871г.
Фотобумага, картон, фотопечать. 10,5х17,5 см.; 16х23,5 см.
ТМ-11854/5. ИФ-1550
ГК- 2982738
Фотография. Комсомольцы – тоболяки, участники ВОв. Сокерин Александр Дмитриевич. 1940-е гг.
Фотобумага, фотопечать. 4,0х5,5.
ТМ-13745/5. ИФ-120
ГК- 2952279
Фотография. Тоболяки – участники обороны и прорыва блокады Ленинграда 1941-1944 гг. г. Тобольск. 1984 г.
Фотобумага, фотопечать черно-белая. 29,0х37,9.
ТМ-15309. ИФ-69
ГК- 2952207
Фотография.Экспедиция Тобольского музея на р. Салым. Божества в кедровой роще, ю. Кинтусовы и Цингинские. г. Тобольск. 1911г.
Фотобумага, картон. 12х17; 19х24.
ТМ-15537/88. ИФ-7226
ГК- 4081779
Фотография.Экспедиция Дмитриева- Садовникова на р. Вах . Сшивание кедровым корнем раскола обласа. г. Тобольск. 1913г.
Фотобумага, картон. 7,5х10,5 см.; 14,5х17,5 см.
ТМ-15544/102. ИФ-7967
ГК- 4100766
